风湿性关节炎是一种常见的自身免疫疾病，表现为慢性炎性关节疾病。目前，不仅在类风湿性关节炎患者中，在其他自身免疫性疾病如多发性硬化患者中，血浆同型半胱氨酸的水平也增高，并且有证据表明同型半胱氨酸的升高与自身免疫反应密切相关，这些都是最近研究的热点。

同型半胱氨酸可能是自身免疫应答的启动因素，因而和血管疾病的发展和自身免疫性疾病的发生相关。不同研究者进行的许多不同的研究已经证实同型半胱氨酸的有趣作用。尽管同型半胱氨酸在免疫炎症活化中发挥的持久性的作用没有完全阐明，但该机制很可能是复杂和有趣的。

升高的同型半胱氨酸还是一种促炎和免疫刺激分子。同型半胱氨酸的促炎作用和免疫调节功能已经被一些包括分子光谱分析在内的体外血管细胞类型研究被证实。许多学者也证实了同型半胱氨酸能够加强单核细胞趋化性进入血管壁。Lazzerini等发现类风湿关节炎患者的关节中同型半胱氨酸起到促进炎症过程的作用，同时在风湿性关节炎患者滑膜液中约有10μmol/L的同型半胱氨酸。总体上看，上面提及到的证据强有力的证明同型半胱氨酸能激活免疫系统同时促进炎症过程。

高同型半胱氨酸血症与一些风湿性关节炎患者的临床特征有关。在37例风湿性关节炎患者中，同型半胱氨酸水平增高与血沉和C反应蛋白（反应炎性过程）水平残疾评分、疼痛的程度以及肿胀和痛苦的关节数量有一定的关联。在用大剂量糖皮质激素治疗风湿性关节炎患者中发现同型半胱氨酸快速降低约26%，同时在6个月后的随访中发现这种影响是持久的。西班牙马德里大学生化系的研究对患风湿性关节炎的女性与常人的H值进行了比较，发现了巨大差异。患病者的H值高达17.3umol/L单位，而常人为7.6umol/L。

更有科学家把这一发现应用于治疗之中。1994年一批来自知名的佛罗里达克里尔沃顿市美国营养学院的研究者，给26名患手部关节炎的患者服用维生素B12、和叶酸，平均时间为5年。结果，那些用维生素代替消炎镇痛药的患者与只服有消炎镇痛药的患者相比，手关节疼痛减轻更多，握力增强更多。消炎镇痛药会引起不良反应，包括由肾脏衰竭、消化道溃疡出血，它们的代价远高于补充维生素B12和叶酸。